在《新奇幻寶貝》的寵物中，分成龍、獸、昆蟲、金屬、謎、惡魔、鳥、植物八類，他們彼此相克。玩家面對不同的怪物，派出克制的種族，可以讓戰鬥更順利。主角身上，一次更可以攜帶二十只寵物，讓玩家對寵物陣容的調整更有彈性。

　　另外，遊戲中幾乎全部的怪物都有機會掉落核心蛋，所以玩家也不用擔心寵物不足的問題。事實上，玩家應該會覺得核心蛋太多了，即使有二十格的寵物欄位也不夠用。如果真的覺得空間不夠用的話，就多嘗試寵物合成吧！因為有些寵物是一定要透過合成才能取得的。根據合成配方，準備一公一母的寵物就能進行合成了。不過即使寵物性別相同，您也可以透過使用改變寵物性別的道具，讓你的寵物合成可以順利進行，加快獲得最強寵物的進度。遊戲中多達三百種寵物，隨時都會與你並肩作戰，擅用合成，把他們變成你的夥伴吧！

　　在《新奇幻寶貝》之中，玩家可以透過變身系統變身成各種可愛的怪物，讓自己成為第四只寵物。變身為怪物不但只能力獲得提升，變身期間還能避免其他怪物的主動攻擊。變身的方法很簡單，只要使用各種怪物的「變身鎧甲」，就能變身成特定怪物。這樣就不會被怪物主動攻擊，在練功時，可以掌握每次第一擊的機會，獲得不少優勢。趕路時，則可以省去不必要的戰鬥，節省許多時間。有了「變身鎧甲」，在佈滿主動怪物的場景，也能悠閒打寶。而且「變身鎧甲」的種類繁多，玩家可以利用這些鎧甲變身成為自己喜歡的寵物，完全投入到寵物的世界當中。